Giải trình tự RNA toàn phần máu ngày càng được ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu các dấu ấn phiên mã đặc trưng cho các trạng thái bệnh lý. Các phương pháp truyền thống thường sử dụng giải trình tự cDNA đoạn ngắn (short-read), do đó bỏ lỡ nhiều đặc điểm quan trọng của biểu hiện RNA như sự khác biệt về độ phong phú các isoform và biến đổi chiều dài đuôi poly(A). Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả từ 𝗧𝗵𝗲 𝗨𝗻𝗶𝘃𝗲𝗿𝘀𝗶𝘁𝘆 𝗼𝗳 𝗠𝗲𝗹𝗯𝗼𝘂𝗿𝗻𝗲 đã sử dụng công nghệ giải trình tự Oxford Nanopore Technologies để phân tích mRNA nguyên bản từ máu toàn phần của 12 bệnh nhân được chẩn đoán nhiễm trùng huyết do vi khuẩn và virus, đồng thời so sánh với kết quả từ giải trình tự cDNA Illumina. Bên cạnh đó, nghiên cứu còn tập trung khảo sát sự biến đổi chiều dài đuôi poly(A), phát hiện các transcript mới và đánh giá sự khác biệt trong sử dụng transcript giữa các nhóm bệnh.
Kết quả nghiên cứu cho thấy mối tương quan về số lượng gene giữa hai phương pháp phụ thuộc đáng kể vào quy trình phân tích được áp dụng. Cụ thể, khi sử dụng NanoCount cho dữ liệu Nanopore và Kallisto cho dữ liệu Illumina, hệ số tương quan Pearson trung bình đạt giá trị cao nhất là 0.927 ở mức gene và 0.736 ở mức transcript isoform. Nghiên cứu đã xác định được 2 gene có sự khác biệt về quá trình polyadenylation, 9 gene biểu hiện khác biệt và 4 gene có sự thay đổi trong sử dụng transcript giữa hai nhóm nhiễm trùng. Phân tích Gene Ontology cho thấy các gene có đuôi poly(A) dài chủ yếu tham gia vào các quá trình truyền tín hiệu tế bào, trong khi các gene có đuôi ngắn thường liên quan đến chức năng oxidoreductase. Ngoài ra, nghiên cứu còn phát hiện 240 transcript isoform mới không phải do sai sót kỹ thuật.
Những phát hiện này khẳng định dữ liệu gene từ giải trình tự Nanopore RNA và Illumina cDNA có mối tương quan chặt chẽ, chứng tỏ cả hai phương pháp đều phù hợp cho việc phát hiện và xác thực các biomarker dựa trên biểu hiện gene. Tuy nhiên, phương pháp giải trình tự RNA trực tiếp bằng công nghệ Nanopore mang lại những ưu thế vượt trội trong việc phát hiện các biomarker sau phiên mã và đồng phiên mã, bao gồm biến đổi chiều dài đuôi poly(A) và sự khác biệt trong sử dụng các transcript isoform.
Bài nghiên cứu được đăng trên tạp chí 𝗕𝗠𝗖 𝗜𝗻𝗳𝗲𝗰𝘁𝗶𝗼𝘂𝘀 𝗗𝗶𝘀𝗲𝗮𝘀𝗲𝘀 (25:692) ngày 13/05/2025
Đọc thêm: https://the-bithub.com/ont-clinical-rbc
BCE Việt Nam
Hotline: 0942.975.624 / 0913.526.170
Email: [email protected]