Mô tả
Tổng quan phương pháp digitalMLPA:
_ SALSA® digitalMLPA ™ tương tự phương pháp MLPA thông thường – tiêu chuẩn vàng trong phát hiện sự khác biệt số lượng bản sao (copy number variants – CNVs) của nhiều chuỗi DNA – digitalMLPA còn có khả năng kiểm tra nhiều mục tiêu hơn, với chi phí và thời gian thực hiện giảm.
_ SALSA® digitalMLPA ™ có khả năng định lượng số lượng bản sao lên đến 1000 trình tự mục tiêu khác nhau. Kỹ thuật này kết hợp công nghệ MLPA thông thường với giải trình tự gen thế hệ mới (NGS).
Nguyên tắc của phương pháp digitalMLPA:
- Mẫu dò digitalMLPA (digitalMLPA probes): Các mẫu dò digitalMLPA gắn đặc hiệu với các trình tự DNA mục tiêu.
Một mẫu dò digitalMLPA bao gồm hai phần: một oligonucleotide đầu dò bên trái và bên phải (LPO và RPO).
_ LPO chứa mồi P7 PCR và đoạn trình tự lai DNA.
_ RPO chứa một đoạn trình tự để nhận dạng quá trình đọc digitalMLPA riêng biệt và trình tự lai DNA.
Một Barcode Oligo (BO) chứa một trình tự duy nhất để nhận dạng mẫu, cùng với trình tự mồi Rd1 và P5, được thêm vào mỗi phản ứng.
- Biến tính mẫu và lai mẫu dò:
- Phản ứng nối mẫu dò:
- Khuếch đại mẫu dò (Probe amlification)
- Giải trình tự sản phẩm khuếch đại (Amplicon sequencing): Các sản phẩm PCR được trộn với lượng bằng nhau, pha loãng, biến tính và được đưa vào thiết bị giải trình tự Illumina. Đối với mỗi đầu dò trong tất cả các phản ứng, ít nhất 400 lần đọc riêng biệt được thực hiện nhằm đảm bảo tính chính xác cho kết quả.
- Phân tích kết quả: bằng phần mềm Coffalyser digitalMLPA.
Coffalyser digitalMLPA tạo ra hai bảng báo cáo dễ dàng cho việc phiên giải kết quả cho mỗi một mẫu trong thử nghiệm; một báo cáo bao gồm các thông tin chung của thử nghiệm và một báo cáo chứa kết quả phân tích của mẫu. Các báo cáo này đảm bảo cho chất lượng của mẫu và phản ứng; cũng như làm nổi bật các giá trị không bình thường được phát hiện.Video dưới đây mô tả phương pháp digitalMLPA và qui trình thực hiện
Video dưới đây mô tả phương pháp digitalMLPA và qui trình thực hiện
Sản phẩm ứng dụng kĩ thuật digitalMPLA:
SALSA digitalMLPA panel, Probemix D001 Hereditary Cancer Panel 1, cung cấp phạm vi bao phủ bộ gen hơn cả 10 xét nghiệm MLPA thông thường, vì vậy có tiềm năng rất lớn trong sàng lọc ung thư. Cụ thể, bộ kit này cho phép phát hiện CNVs ở 28 gen liên quan về mặt lâm sàng và phát hiện sáu đột biến (điểm) phổ biến.
Hiện nay, đây là sản phẩm đầu tiên và duy nhất của hãng MRC-Holland ứng dụng kĩ thuật digitalMLPA, phục vụ cho mục đích nghiên cứu (RUO)
Tham khảo kĩ thuật digitalMLPA: https://www.mrcholland.com/technology/digitalmlpa
Tham khảo SALSA digitalMLPA Probemix D001 Hereditary Cancer Panel 1: https://www.mrcholland.com/product/D001/14722
